Durante il periodo repubblicano, probabilmente in occasione delle guerre puniche, all’interno dell’esercito romano si ricorse per la prima volta alla magistratura del praefectus classis, incaricata di comandare l’intera flotta (Liv. XXVI, 48). Dal secolo I comunque si stabilì definitivamente la presenza di due praefecti classis, uno al comando della flotta ravennate, l’altro a capo di quella misenate. Alle dipendenze del praefectus classis vi furono in ordine gerarchico di esperienza navarchi, trierarchi e centuriones; i primi due poterono essere di status peregrinus, ossia non essere cittadini romani, fino al tardo secolo III (CJ Dig. XXXVII, XIII,1). Furono allestite anche flotte provinciali, una classis Germanica è documentata già nel 69 (Tac. hist. I,58) e una classis Britannica nel 70 (Tac. hist. IV,79); poco più tarde le attestazioni invece di flotte operative nella pars Orientis, probabile verso la fine del secolo I la formazione di una classis Pontica (Ioseph. bell. Iud. II,367), mentre un diploma militare del 119 attesta l’esistenza di una classis Syriaca.